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この問題を解決するには、ホームディレクトリ(以降、$HOME と記述します)の直下に「デスクトップ」というディレクトリを作成し、$HOME/.config/user-dirs.dirs の下記の項目をエディタで修正します。

XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/デスクトップ"

8.04 へのアップグレードの時か、8.10 へのアップグレードの時かは忘れたのですが、それまでは $HOME/Desktop ディレクトリの内容が表示されていたのに、ホームフォルダの中身が表示されるようになってしまっていました。

直接、困る問題があるというワケでもなかったので、そのままにしておいたのですが、別件で調べ事をしている時に下記の投稿を見つけました。

Ubuntu のデスクトップにホームディレクトリの内容が表示される

アップグレードの時かどうかははっきりしないのですが、どこかのタイミングで「XDG_DESKTOP_DIR」の値が、「Desktop」ではなく「デスクトップ」に変更されたのかなぁと、推測していますが、とりあえず上記の投稿のおかげで解決しました。